To hurtige Manchester United-scoringer i anden halvleg sikrede dem yderligere tre point i deres Champions League-gruppe.
Manchester United var allerede videre inden gruppens sidste kamp mod CSKA Moskva, hvorfor José Mourinho havde valgt at stille op med en række reserve.
Den engelske klub kom bagud i første halvleg, men Romelu Lukaku og Marcus Rashford vendte showet i anden halvleg.
Dermed vinder Manchester United gruppen med 15 point, mens Basel, der vandt 2-0 ude mod Benfica, snupper andenpladsen.